Zoom unterstützt die Ende-zu-Ende Verschlüsselung (E2EE) seit Version 5.4.0 oder höher nun auch im engeren Sinne des Begriffes. Da die Ende-zu-Ende Verschlüsselung einzelne Funktionen (z.B. Breakout Rooms) deaktiviert, wird bei Veranstaltungen und Meetings der ZHB via Zoomdie Ende-zu-Ende Verschlüsselung nur bei erhöhten Datenschutzanforderungen und zum Schutz sensitiver Inhalte verwendet. Ob ein Meeting Ende-zu-Ende verschlüsselt ist, ist erkennbar via Klick auf das grüne Schild-Logo oben links im Zoom-Meeting Fenster. 

Meetings ohne Ende-zu-Ende Verschlüsselung sind ebenfalls verschlüsselt, jedoch greifen die Verschlüsselungsfunktionen nicht lückenlos, sondern nur jeweils zwischen den Teilnehmenden und den zoom-Servern. Zoom Meetings nutzen standardmässig eine AES-256-bit GCM Verschlüsselung für die Übertragung der eigentlichen Video-/Audio-Daten zwischen dem Endgerät des Nutzenden und der Zoom-Cloud. Auf den Zoom-Servern selbst kommt die Verschlüsselung bei diesem Verfahren nicht zum Einsatz. In einem Meeting mit aktivierter E2EE hat hingegen niemand ausser den einzelnen Teilnehmenden Zugriff auf die Verschlüsselungsschlüssel.